Da Sovjetunionen gikk i oppløsning, erklærte republikken Tsjetsjenia seg som selvstendig nasjon. Det var opptakten til den blodige konflikten med Russland, som har forvandlet Kaukasus til en voldsom krigssone utenfor medienes søkelys.

I 2005 og 2006 foretok Aage Borchgrevink to reiser i området. I Den usynlige krigen forteller han historiene til menneskene han møtte. Det er sterke beretninger om krigens grusomheter, og om hvordan mennesker bevarer sin menneskelighet i umenneskelige situasjoner. Deres øyenvitneskildringer forteller også historien om hvordan president Vladimir Putin samler det russiske imperiet på nytt.