Romanens to hovedpersoner, Nanna og lillesøsteren Fride, har i flere år levd i skjul i en bunker etter en stor katastrofe sammen med faren sin. Alle mennesker er døde og naturen har visnet hen. Da jentene en dag våger seg opp uten at faren vet det, rammes faren av den samme mystiske sykdommen som forårsaket katastrofen. I all hast må Nanna og Fride dra av sted for å finne medisin, hvis faren skal ha noe håp om å overleve. Jentene må dra til byen de bodde i før katastrofen inntraff. I byen der moren deres valgte å bli igjen for å jobbe som lege, i et siste forsøk på å hjelpe alle de syke, desperate og døende menneskene.

Høsten er først og fremst en bok om livet og kjærligheten, tross det dystre scenariet. Det hviler noe klassisk og tidløst over denne ungdomsromanen.