Det utrolige eventyret som begynte i Miss Peregrine og øyas hemmelighet fortsetter. Jacob har flyktet fra øya Cainholm, og sammen med de nye vennene sine reiser han til London for å befri sin kjære bestyrerinne, Miss Peregrine, fra fuglekroppen hun er fanget i. Men i denne krigsherjede byen lurer grufulle overraskelser bak hvert hjørne. Og før Jacob kan bringe de merkverdige barna i sikkerhet, må han finne ut hva han skal gjøre med sin kjærlighet til Emma Bloom. Spøkelsesbyen drar leseren inn i en uforglemmelig fantasiverden full av telepati, tidssløyfer og hamløpere, en verden befolket av merkverdige voksne, blodtørstige vesener, og et underlig menasjeri av nifse dyr.
