I Afrika redder Jason Bourne sin eneste venn i CIA, Martin Lindros, i sammenheng med en ulovlig forsendelse med uran. Trygt tilbake i USA hjelper han Lindros med å spore opp terroristene som kjøper det kjernefysiske materialet. Men snart lider han av forvirrende flashbacks fra ukjente steder og hendelser. Er det noen som hjernevasker ham for å få ham til å miste sporet?