Jason Bourne var opprinnelig en identitet oppdiktet av CIA-agenten David Webb i forbindelse med en hemmelig operasjon, og han fikk raskt rykte som dyktigste leiemorderen noen sinne.

Webb jobber ikke lenger som CIA-agent, han er professor i Østenstudier ved universitetet i Georgetown. Han lever et rolig liv, helt til den dagen han blir forsøkt myrdet. Leiemorderen er minst like god som han selv, og står bak mordet på to av Webbs nærmeste kollegaer og venner.
Nå må David Webb kjempe for livet mot en ukjent morder, og han må kjempe mot et CIA som tror at han har tatt opp igjen sitt gamle yrke.